Plateforme de Bioinformatique et Génomique Est - ICube (BiGEst-ICube) | ICube UMR 7357 | Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie

Seul portail pour tous vos besoins en bioinformatique

La plateforme Bioinformatique et Génomique Est - ICube (BiGEst-ICube) propose des services de bioinformatique adaptés à divers domaines d'application. Ses activités couvrent un large éventail de sujets, incluant la bioinformatique évolution, fonctionnelle et biomédicale. Elle met à disposition de sus utilisateurs des expertises scientifiques et techniques, ainsi qu’un ensemble de services, logiciels, bases de données et matériels.

Sommaire de la page

La plateforme

BiGEst-ICube réunit au même endroit des logiciels, des bases de données, du matériel et des outils performants.
Pour vous aider à bien utiliser ces ressources, des experts en science et en technique sont à votre disposition.
Grâce à des équipements de pointe, cette plateforme offre également un accès privilégié à des solutions de calcul et de stockage des données.
Nous plaçons la qualité des données au coeur de notre expertise et de nos analyses. Nous assurons la gestion des données tout au long de leur cycle de vie.

Galerie

<strong>Réseau d'interaction des gènes liés à la multiciliation et structure 3D de protéine © BiGEst-ICube</strong>

<strong>Analyse d'alignement de séquences protéiques avec l'outil Ordalie © BiGEst-ICube</strong>

Expertises et ressources

Expertise scientifique

Analyse des relations entre séquence, forme, fonction et évolution
Génomique comparative allant des bactéries aux métazoaires
Étude de maladies génétiques rares

Expertise technique

Conception de stratégies pour le calcul intensif
Apprentissage automatique
Optimisation par algorithmes évolutionnaires
Data stewarding : préparation, curation, FAIRification de données

Principaux équipements

Serveurs de traitement et de stockage

Ressources logicielles / bases de données

OrthoInspector: logiciel et base de prédiction d'orthologues
PipeAlign: suite logicielle de création d'alignement multiple de séquences
Ordali (Ordered Alignment Information explorer): outil de visualisation et d'exploitation d'alignements multiples de séquences annotés
GxDb: système de traitement, analyse et visualisation de données transcriptomiques
EASEA (EAsy Specification of Evolutionary Algorithms): logiciel de création d'algorithmes évolutionnaires massivement parallèles

Prestations de service

Analyses omics (transcriptomique, protéomique, métabolomique, lipidomique)
Analyse de données : caractérisation, exploration, préparation, curation, FAIRification
Création d’intelligences artificielles et modèles d’apprentissage dédiés
Mise en œuvre de méthodes d'optimisation

Mots clés : Bioinformatique, transcriptomique, métabolomique, protéomique, lipidomique, intelligence artificielle, machine learning, optimisation, alignement multiple, gestion de données