Thèse : Étude des motifs de code circulaire dans les séquences d'acides nucléiques

Soutenance de thèse : Karim EL SOUFI

Équipe : CSTB

Titre : Étude des motifs de code circulaire dans les séquences d'acides nucléiques

Résumé : Le travail effectué dans cette thèse présente une nouvelle approche de la théorie du code circulaire dans les gènes qui a été initiée en 1996. Cette approche consiste à analyser les motifs construits à partir de ce code circulaire. Ces motifs particuliers sont appelés motifs de code circulaire. Ainsi, nous avons développé des algorithmes de recherche pour localiser les motifs de code circulaire dans les séquences d'acides nucléiques afin de leurs trouver une signification bioinformatique. En effet, le code circulaire X identifié dans les gènes est un ensemble de trinucléotides qui a la propriété de retrouver, synchroniser et maintenir la phase de lecture. Nous avons commencé notre analyse avec le centre de décodage du ribosome (ARNr) qui est une région majeure dans le processus de traduction des gènes aux protéines. Puis, nous avons étendu les résultats obtenus avec le ribosome aux ARN de transfert (ARNt) pour étudier les interactions ARNr-ARNt. Enfin, nous avons généralisé la recherche de motifs de code circulaire X dans l'ADN aux chromosomes d'eucaryotes. Ce travail identifie de nouvelles propriétés à la théorie du code circulaire.

Cette thèse a été dirigée par Christian Michel de l'Université de Strasbourg.

La soutenance aura lieu en anglais le mardi 24 janvier 2017 à 13h30 en salle A207 du pôle API à Illkirch.