Thèse : Reconstruction à partir de particules isolées en microscopie par fluorescence

Soutenance de thèse : Thibaut ELOY

Équipe : IMAGeS

Titre : Reconstruction à partir de particules isolées en microscopie par fluorescence

Résumé : La microscopie par fluorescence, technique de microscopie permettant l'acquisition d'images tridimensionnelles, a connu des avancées majeurs ces dernières décennies. Néanmoins, ces progrès sont freinés par deux limitations principales. D’une part, l’anisotropie de résolution : la résolution selon l’axe du microscope est de 3 à 5 fois inférieure à la résolution dans le plan latéral. D’autre part, le faible degré de labellisation (DL) : les fluorophores utilisés pour labelliser les protéines d’intérêts d’un assemblage macromoléculaire, ne couvrent pas uniformément la structure observée. L’anisotropie de résolution et le faible DL sont des limitations physiques intrinsèques au processus d’acquisition. L’objectif de la thèse est de les contourner à l’aide de l’outil numérique en développant une méthode de reconstruction à partir de particules isolées. Le principe consiste à combiner plusieurs acquisitions de particules biologiques identiques observées selon différentes orientations inconnues afin de reconstruire un modèle de particule. Grâce à la fusion des informations complémentaires dans chaque vue, nous visons à reconstruire un volume avec une résolution isotrope et une densité de labellisation uniforme.

Jury :

• Encadrants :
  Denis FORTUN : Chargé de recherche CNRS, laboratoire ICUBE
  Etienne BAUDRIER (dir) : Maitre de conférence, Université de Strasbourg
• Membres du jury
  Rapporteurs :
  - Charles KERVRANN : Directeur de recherche INRIA, Institut Curie
  - Loïc DENIS : Professeur, Université de Saint-Etienne
  Examinateurs : 
  - Emmanuel SOUBIES : Chargé de recherche CNRS, Laboratoire IRIT
  - Slavica JONIC : Directrice de recherche CNRS, Laboratoire IMPMC
  - Michaël LIEBLING : Chercheur Senior, Idiap Research Institute