Thèse : Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle

Soutenance de thèse : Nicolas SCALZITTI

Titre : Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle

Équipe : CSTB

Résumé : Les projets de séquençage à haut débit produisent quotidiennement une énorme quantité de données biologiques brutes. Cependant, ces données sont difficilement exploitables si elles ne sont pas annotées. Afin de pouvoir traiter ces données massives, des programmes d’annotation de génomes ont été développés, malheureusement ces derniers sont encore trop sujets aux erreurs de prédiction, faisant de l’annotation des génomes un des défis majeurs en bio-informatique. Dans ce contexte, mes travaux de thèse s’organisent autour d’un trinôme indissociable : i) l’amélioration de la prédiction des gènes eucaryotes codant pour des protéines en se focalisant spécifiquement sur les sites d’épissage ii) en exploitant des algorithmes d’intelligence artificielle (réseaux de neurones convolutif et algorithmes évolutionnaires), iii) entraînés avec des données de haute qualité incluant une forte hétérogénéité d’organismes eucaryotes (de l’Homme aux protistes). La stratégie mise au point consiste à combiner l’ensemble des données traitées et validées (G3PO) avec les programmes développés (Spliceator et SpliceSLEIA) afin d’améliorer la prédiction des gènes en diminuant le taux d’erreurs afin qu’elles ne se propagent plus dans les bases de données publiques. De plus, ces travaux permettront une meilleure compréhension des organismes et de leurs mécanismes biologiques.

Les membres du Jury sont :

• Mme Julie Thompson, directeur de recherche, CNRS - directrice de thèse
• M Pierre Collet, professeur, Université de Strasbourg - directeur de thèse
• Mme Odile Lecompte, professeur, Université de Strasbourg
• Mme Elodie Laine, maître de conférences, Sorbonne Université
• M Pierrick Legrand, maître de conférences, Université de Bordeaux
• M Wolfgang Banzhaf, professeur, Michigan State University
• Mme Malika Smail-Tabbone, maître de conférences, Université de Lorraine

La soutenance se déroulera, en français, le mercredi 29 Septembre 2021 à l'auditorium du CRBS à 14h00 (1 rue Eugène Boeckel , Strasbourg).