Portrait : Iris Daurensan, doctorante (équipe IMAGeS et startup Redberry)

Doctorante depuis 2018 au sein de l’équipe IMAGeS* du laboratoire ICube et de la startup Redberry, Iris Daurensan nous parle de sa thèse CIFRE et de sa participation à la finale de Ma Thèse en 180 secondes en Alsace, le jeudi 18 mars 2021.

Son travail, encadré par V. Mazet (directeur de thèse) et V. Noblet (encadrant) au laboratoire et J. Pierquin en entreprise, porte sur la « Détection rapide de micro-organismes unicellulaires par imagerie haute-résolution ».  

*Équipe Images, Modélisation, Apprentissage, Géométrie et Statistique (IMAGeS)

Pouvez-vous me détailler votre thèse en quelques lignes ?

Contrôler rapidement la présence de micro-organismes est un enjeu fondamental pour éviter toute contamination des eaux, des aliments et des médicaments. Dans ce contexte, Redberry développe une technologie innovante qui acquière des images de micro-organismes marqués par un agent fluorescent. Intégrée à cette équipe, je développe un logiciel qui analyse les images pour compter les micro-organismes. Pour y parvenir, je profite également de l'expertise du laboratoire ICube en traitement d'images et en science des données. En particulier, les choix des algorithmes fait suite à des échanges scientifiques fructueux.

La principale difficulté est d'être capable de reconnaître des micro-organismes parmi d'autres objets. En effet, les micro-organismes étant visibles sur quelques pixels, il est difficile de les reconnaître grâce à leur forme. Cependant, la technologie de Redberry permet de suivre l'évolution du signal lumineux en acquérant plusieurs images. Typiquement, les micro-organismes émettent un signal qui croît puis décroît selon une certaine cinétique. Ainsi, cette information permet de les reconnaître à l'aide d'outils d'apprentissage automatique.

Le logiciel est aujourd'hui exécuté en temps réel lors d'essais microbiologiques chez Redberry et chez des clients. Il permet aux microbiologistes de compter les micro-organismes mais aussi d'étudier leur comportement. Le fait que le logiciel soit exploité quotidiennement est très satisfaisant. J'ai également des échanges enrichissants avec les microbiologistes afin de comprendre comment améliorer le logiciel.

Connaissiez-vous déjà le concours Ma Thèse en 180 secondes ?

J'ai assisté à "MT180" pour la première fois en 2018 à Strasbourg. Cet événement, que je qualifierais de spectacle, m'a tout de suite beaucoup plu car j'y ai découvert des sujets de recherche très divers tout en me distrayant.

Pourquoi tenter l’expérience et quel est votre avis sur votre participation ?

En tant que jeune chercheur, c'est une belle opportunité pour apprendre à communiquer sur son sujet avec simplicité. C'est très satisfaisant de réussir (enfin !) à expliquer son sujet à tous, notamment à ses proches.

Revoir la prestation d'Iris lors de la finale Alsace de MT180

© Jardin des sciences de l'Université de Strasbourg